2019年9月6日 星期五

文獻|Cell刷新科學界對RNA結合蛋白新的認知


題目:Pervasive Chromatin-RNA Binding Protein Interactions Enable RNA-Based Regulation of Transcription
期刊:Cell
產品:FIP1L1 antibody (A5016)
物種:人
應用:ChIP-Seq

一、研究背景


RNA結合蛋白(RNA Binding ProteinRBP)在轉錄後的剪接加工、修飾、轉運、細胞定位、穩定性、翻譯和降解等RNA代謝過程中發揮著重要的調控功能,但近來對RNA可交聯蛋白質的觀察揭示了大量的經典和非經典RBP。目前已知一些典型的DNA結合蛋白能夠結合RNA,現已擴展到許多轉錄因子(Transcription Factors , TFs),例如CTCF; DNA損傷修復酶,例如XRCC5 / Ku80,以及轉錄複合物,例如PRC2。保守估計人類基因組目前編碼的RBPs多達1500種,鑑於哺乳動物細胞中存在如此巨大的RBP庫,現在需要研究和探索它們新的功能。而且越來越多的證據表明,轉錄調控和染色質活性在很大程度上涉及調節類的RNA,儘管多個RBPs與轉錄調控有關,但其在轉錄水平的調控功能和機制尚不清楚。

武漢大學肖銳研究員與美國加州大學聖地亞哥分校(UCSD)付向東教授課題組研究成果榮登國際頂級期刊Cell雜誌,該研究刷新了我們對RNA結合蛋白的傳統認知,揭示RNA結合蛋白是一類新的轉錄因子或輔助因子的新概念,可通過RNA依賴的染色質相互作用直接參與轉錄調控,開闢了RNA結合蛋白功能研究的新領域。肖銳研究員為共同第一作者和通訊作者,加州大學聖地亞哥分校陳加餘博士和梁徵宇博士為共同第一作者,付向東教授為共同通訊作者。該論文的共同作者還包括武漢大學周宇教授和羅大極副教授、清華大學魯志教授、張奇偉教授和陳陽助理研究員、廈門大學劉文教授、美國MIT Christopher Burge教授、UCSD Gene Yeo教授和康涅狄格大學Brenton Graveley教授和加拿大蒙特利爾大學Eric Lecuyer教授。

二、研究結果與內容


1RNA結合蛋白與染色質有廣泛的相互作用


針對特定RBP參與轉錄和共轉錄RNA加工的這一新興領域,付向東等團隊參加了ENCODE項目,分別在HepG2K562細胞上挑選了有特異性抗體且有核定位的5845RBP,並通過ChIP-seq(染色質免疫沉澱測序)技術大規模檢測,肖銳研究員等意外地發現約60%RNA結合蛋白與染色質有廣泛的相互作用,並且放大在基因啟動子和增強子區域。

Figure 1.General Features of Chromatin-Associated RBPs.


2RBP啟動子結合活性的特異性和保守性


該研究目前只檢測了人類基因組中不到5%RNA結合蛋白(目前RBPs大概有1500種),卻發現約40%的活性染色質區域和約80%的活性啟動子區域都存在RNA結合蛋白的特意性結合,這提示RNA結合蛋白在染色質水平存在著廣泛的功能和作用。

Figure 2.Distinct RBP-Chromatin Interaction Patterns on Different Promoter Classes.


3、啟動子相關RBPs在不同基因表達水平中的作用

作者在HepG2細胞中進行RBP基因剔除,比較基因表達在穩態前後的變化,通過GRO-seqGlobal Nuclear Run-On測序)技術和RNA-seq技術發現野生型細胞系大多數RBP與啟動子的相互作用與靶基因轉錄活性相關,基因剔除後,幾乎所有的RBP都在穩定狀態下影響基因表達。為了進一步判斷誘導基因表達是否與他們的啟動子相關,作者通過GRO-seq證實至少有6RBP(RBM22, XRCC5, RBM25, HNRNPK, HNRNPLL U2AF1)直接參與了轉錄調控過程。
Figure 3.Correlation between RBP-Promoter Interaction and Gene Expression.

4RBPsTFs在人類基因組中的交互作用

通過NMFNegative Matrix Factorization)方法進一步分析獲得的高質量RBPs ChIP-seq數據與相同細胞系中可利用的TFs ChIP-seq數據,揭示了許多共同結合事件,從而為TFsRBPs的協同作用提供了證據。此外,研究發現RBPs如同TFs一樣偏向於結合人類基因組中HOTHigh-occupancy Target)區域。


Figure 4.Integrated Analysis of Chromatin-Associated RBPs and TFs in HepG2 Cells

5YY1RBM25在轉錄中的功能協同作用


該研究重點闡釋了RNA結合蛋白RBM25(參與剪接調節的RBP)通過調控轉錄因子YY1(已知的RNA依賴性TF)與染色質的結合,進而調控染色質結構和轉錄激活與抑制的分子機制, RBM25耗竭減弱了所有YY1依賴性活性,包括染色質結合,DNA環化和轉錄,全面展示了特異性的RNA結合蛋白介導的轉錄因子YY1的功能調控作用。

Figure 5.Co-regulation of Gene Expression by YY1 and RBM25 in HepG2 Cells.

文章小結

該研究通過大規模RNA結合蛋白 ChIP-seq分析,證實了RNA結合蛋白廣泛存在於人類基因組中的活躍染色質區域。與轉錄因子一樣,RNA結合蛋白同樣顯示出對基因組中HOT區域的強烈偏好,特別是基因啟動子,其中它們的關聯通常與轉錄輸出相關。同時發現提出了RNA結合蛋白作為轉錄因子或輔助因子調控轉錄的新概念,開闢了RNA結合蛋白功能研究的新領域,刷新了我們對RNA結合蛋白的傳統認知。


三、RBP抗體案例展示


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